Мужское крестильное имя Михаил имеет древнееврейское происхождение и означает «благонравный». В основу же фамилии Мишагин, вероятно, легла одна из его просторечных форм - Мишага. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишага, со временем получил фамилию Мишагин.