Фамилия Мишагин образована от просторечной формы мужского крестильного имени Михаил — Мишага. Имя Михаил пришло из древнееврейского языка и означает «благонравный», а в русской народной среде оно дало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Миша, Мишаня, Мишута и, в том числе, Мишага. Суффикс -ага в таких именах придавал оттенок фамильярности или шутливой ласки, что было типично для деревенского и посадского быта. Поэтому потомок человека по имени Мишага со временем получал прозвание Мишагин, то есть «сын Мишаги».

По своей словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому типу русских фамилий на -ин. Такие фамилии обычно возникали от основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный, и указывали на принадлежность к отцу: Иван — Иванов, но Мишага — Мишагин. В документах XV–XVII веков подобные прозвища активно использовались как неофициальные именования, а затем закреплялись за семьёй уже как наследственная фамилия. В случае с Мишагиным мы видим редкий пример, когда в основе лежит не стандартное каноническое имя, а именно его разговорная ветвь, что делает фамилию более живой и характерной для простонародной среды.

Интересно, что однокоренные фамилии — Мишаков, Мишанин, Мишаткин — образованы от других производных форм того же Михаила, и это показывает, насколько богатым был именослов в старину. Если же говорить о географии, фамилия Мишагин встречается преимущественно в центральных и поволжских регионах России, что косвенно подтверждает её сельское происхождение. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, когда крестьяне после отмены крепостного права массово получали официальные фамилии, хотя сама прозвищная основа, безусловно, старше. Таким образом, за фамилией стоит не просто имя, а целый пласт народной культуры именования, где ласкательное или шутливое обращение к человеку становилось его родовым знаком.