Фамилия Мишагичева — женская форма фамилии Мишагичев, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или нецерковного имени Мишагич. Корень здесь тот же, что и у имени Михаил, но не напрямую, а через уменьшительную форму Миша. Однако ключевая особенность фамилии — редкий и архаичный суффикс «-ич». В русской антропонимии суффикс «-ич» обычно указывал на отчество (как в белорусских и польских фамилиях типа Мицкевич или сербских Милошевич), но в великорусской традиции он закрепился в основном за фамилиями, возникшими в северных и северо-западных землях (например, Степанович, Козьмич). Встречается он нечасто, и Мишагичев — один из таких случаев.

Что значит имя Мишагич? Скорее всего, это производное от Миша с добавлением суффикса «-гич», который мог возникнуть путём сращения основ: Миша + -аг- (как в имени Мишага) + -ич. В старину на Русском Севере и в Поволжье бытовали личные имена Мишага и Мишатка — ласкательные формы от Михаила. Соответственно, Мишагич — это «сын Мишаги» или «потомок Мишаги». Такая модель словообразования (основа на -а + суффикс -ич) характерна для фамилий, которые фиксировали не род занятий, а прямое родство: сын Мишаги становился Мишагичем, и эта форма закрепилась как наследственная.

Учитывая редкость суффикса, можно предположить, что предки носителей фамилии жили в местности, где сохранялись древние новгородские или вятские говоры. В центральных и южных губерниях России такого рода фамилии почти не встречались — там преобладали модели на «-ов» и «-ев». Сословно Мишагичевы, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям: фамилии на «-ич» у дворян были исключением (вроде Голицыных), а у простого люда они как раз указывали на патриархальный уклад, где человека называли по отцу даже в официальных документах.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде «Мишагичов» — это говорит о том, что она прошла канцелярскую фиксацию уже в том виде, в каком бытовала в устной речи. В современной России фамилия редкая, её можно встретить в основном в Кировской области и Пермском крае — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись выходцы с новгородских земель.