Фамилия Мишагин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мишагин послужило церковное имя Михаил. Мужское крестильное имя Михаил имеет древнееврейское происхождение и означает «благонравный». В основу же фамилии Мишагин, вероятно, легла одна из его просторечных форм - Мишага. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишага, со временем получил фамилию Мишагин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мишагин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мишагин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.