Фамилия Мишагин (и её форма множественного числа Мишагины) относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. В её основе лежит церковное имя Михаил, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии и имеет древнееврейские корни, означая «благонравный» или «тот, кто подобен Богу».

Однако напрямую от полной формы имени фамилию не образовали. В основу легла одна из просторечных, обиходных форм — Мишага. Такие формы, оканчивающиеся на -ага, были характерны для народной речи и часто несли оттенок фамильярности или ласки. От этого прозвищного имени и пошла фамилия: потомок человека по прозвищу Мишага со временем стал записываться как Мишагин.

Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Мишагин буквально означает «сын Мишаги». Это старейшая модель русских фамилий, которая закрепилась ещё в XV–XVII веках, когда фамилии только начинали формироваться у крестьян и посадских людей. Подобные образования от уменьшительных форм имён — частое явление: так появились Вагины, Пронины, Сашины.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий был длительным и шёл неравномерно в разных регионах. Можно лишь предположить, что фамилия Мишагин закрепилась в северных и центральных русских землях, где были широко распространены формы имён на -ага. В документах она встречается с XVII века, но систематические записи начались позже, с введением подушной переписи населения.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Мишагин — замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила для нас живую народную форму имени, которая сегодня почти вышла из употребления, и напоминает о том, как гибко и естественно русский язык приспосабливал церковные каноны к повседневной речи.