Фамилия Мишагли выделяется даже на фоне других редких русских фамилий. Её основа и суффикс указывают на нерусское, скорее всего, тюркское происхождение. В русском языке суффикс -ли не является типичным для образования фамилий (в отличие от -ов, -ин или -ский). Зато это характерный словообразовательный элемент для тюркских языков (например, азербайджанского, турецкого, татарского), где он образует прилагательные со значением «имеющий что-то» или «обладающий чем-то». Таким образом, Мишагли — это человек, имеющий отношение к чему-то, что обозначается корнем «Мишаг».

Сам корень «Мишаг» (или «Мишах») — скорее всего, вариант имени Миша (уменьшительное от Михаил), адаптированный в тюркской языковой среде. В таком случае фамилия Мишагли буквально означает «относящийся к Мише», «принадлежащий Мише» или «Мишин». По модели образования она близка к русским фамилиям на -ин, но оформлена по тюркской грамматике. Это типичный пример того, как в пограничных или многонациональных регионах (например, в Закавказье, на Северном Кавказе или в Поволжье) русское по корню имя получало местное окончание.

Вероятнее всего, фамилия Мишагли возникла в среде, где активно смешивались русские и тюркские языки. Предком носителя фамилии мог быть человек, которого в окружении звали Миша, а для указания на его принадлежность к какой-то семье или роду использовали тюркский формант. Вторая, менее распространённая версия, связывает корень «Мишаг» с тюркским словом, означающим «горе» или «беда» (ср. тат. «мешәкәт» — хлопоты, заботы), но это скорее народная этимология, так как имя Миша встречается значительно чаще и даёт более прозрачное толкование.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий и, скорее всего, локализована в определённом регионе. Поиск по современным базам показывает единичные случаи, что подтверждает её уникальность. Если вы носите эту фамилию, можно с высокой долей уверенности предположить, что ваши предки жили на территории, где русский язык соседствовал с тюркскими, и фамилия закрепилась в результате межэтнических контактов.