Фамилия Мишахина — женская форма фамилии Мишахин. Разберём её с мужского варианта, который и был исходным. Основа здесь — «Мишах», и это нестандартное образование. Дело в том, что в русской ономастике суффикс «-ах» — редкая и диалектная модель. Чаще всего так образовывали прозвища или уменьшительные формы имён в северных и сибирских говорах. «Мишах» — это, скорее всего, производное от имени Михаил (в просторечии Миша) с тем самым суффиксальным элементом «-ах», который придавал оттенок фамильярности или принадлежности к определённой местной традиции словообразования. По сути, Мишах — это «Миша» в особой, возможно, пренебрежительной или, наоборот, ласковой форме, распространённой среди крестьян.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Мишахин, то есть сын или потомок Мишаха. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или «-а». Таким образом, первый носитель фамилии Мишахин — это человек, которого в округе знали как Мишаха, и его дети получили отчество-фамилию по отцу.

Географически фамилия Мишахин (и, соответственно, Мишахина) тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к Вологодской, Архангельской, Кировской областям. Там как раз были сильны говоры, где такие суффиксальные формы имён были в ходу. Встречается она и в Поволжье, но как более редкий вариант.

Социальный контекст прост: это крестьянская фамилия. Никакого дворянского или служилого происхождения у неё нет. Предки носителей фамилии Мишахина — скорее всего, черносошные или помещичьи крестьяне, которые получили фамилию по имени-прозвищу своего родоначальника в XVIII–XIX веках, когда фамилии стали массово закрепляться за сельским населением.

В написании фамилии нет ничего спорного: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Миша́хина, хотя в разных семьях могло закрепиться и Мишахина́ (по аналогии с другими фамилиями на «-ин»). В целом, это редкая, но вполне прозрачная по происхождению фамилия, которая хранит в себе местный говор и имя давнего предка.