Фамилия Мишанина образована от имени Мишаня, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Скорее всего, основатель рода Мишаниных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишаня, со временем получил фамилию Мишанина.