Фамилия Мишанёва образована от просторечной формы имени Михаил — Мишаня. В русской ономастике это типичная «полуотчество»: суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность: Мишанёв — сын Мишани. Ударение в фамилии падает на последний слог — Мишанёва, что характерно для южнорусских говоров, где форма Мишаня была особенно распространена.

Исходное имя Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог») дало десятки народных вариантов: Миша, Мишка, Михей, Михалка. Форма Мишаня — уменьшительно-ласкательная, с суффиксом -ан-/-ян-, который в русских говорах часто имел оттенок фамильярности или принадлежности к младшему поколению. В отличие от нейтрального Мишин, фамилия Мишанёв подчёркивает именно прозвищное происхождение: предка могли звать не по имени, а по домашнему обращению — «Мишаня».

Фамилия фиксируется преимущественно в южных и центральных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Встречается также на Украине (в русскоязычной среде) и в Беларуси. Интересно, что в дореволюционных переписях форма Мишанёв часто чередовалась с Мишанев — без ударения на ё, что создавало путаницу при записи. Позже написание закрепилось через букву «ё» по аналогии с другими фамилиями на -ёв (Петров — Петрёв, но здесь иной случай).

Версия о происхождении от прозвища Мишаня (от диалектного «мишаный» — перемешанный, пёстрый) маловероятна: такое прозвище встречается редко и не дало устойчивого фамильного гнезда. Основная масса носителей фамилии ведёт род от человека, которого в быту звали Мишаня — то есть Михаила.