Фамилия Мишанихина ведет начало от прозвища Мишаниха, которое в старину получала жена человека по имени Мишаня. Модель образования здесь не совсем обычна: большинство русских фамилий на -ин происходит напрямую от мужского имени или прозвища отца, а в этом случае основой стала форма, называющая женщину — хозяйку дома. По такому же принципу возникли, например, фамилии Вдовихина или Солдатихина, где прозвище жены указывало на ее мужа или семейное положение. Потомок женщины, которую окружающие звали Мишанихой, со временем получил фамилию Мишанихин, а в женском роде — Мишанихина.

Имя Мишаня — это уменьшительная форма от Михаил, которое восходит к древнееврейскому «ми-ха-эль» и означает «кто как Бог», то есть «подобный Богу». Имя было широко распространено на Руси, часто встречалось в святцах: в православной традиции известно несколько святых покровителей с этим именем. Благодаря такой популярности уменьшительные формы — Миша, Мишаня, Мишук, Мишутка — породили множество фамилий: Мишин, Мишанин, Мишагин, Мишуткин. Фамилия Мишанихина стоит в этом ряду особняком из-за матрилинейного суффикса, который встречается заметно реже, чем патронимические -ов и -ин.

Скорее всего, основатель рода Мишанихиных был человеком из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде прозвища по женскому имени или прозвищу жены — не редкость: так соседи могли идентифицировать семью, где женщина играла заметную роль или обладала ярким характером. В документах подобные фамилии фиксировались в основном в северных и центральных губерниях России, где был распространен тип фамилий на -их/-ых, хотя форма на -ин встречалась повсеместно. Точных сведений о географии фамилии Мишанихина мало, но ее корень и словообразовательная модель указывают на глубокие народные истоки, уходящие в допетровскую эпоху, когда прозвища еще не стали наследственными фамилиями.