Фамилия Мишанихин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мишанихин послужило церковное имя Михаил. Фамилия Мишанихин образована от прозвища Мишаниха, которая получила жена человека по имени Мишаня. Имя Михаил происходит от древнееврейского слова «ми-ха-эль» и означает «кто – как Бог», то есть «подобный Богу». Имя Михаил было популярно в старину, поэтому часто встречалось в святцах: в истории православия есть несколько святых покровителей имени Михаил. Таким образом, потомок женщины, обладающего прозвищем Мишаниха, со временем получил фамилию Мишанихин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мишанихин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мишанихин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.