Фамилия Мишайкин — редкий пример того, как уменьшительное имя, казавшееся «домашним», закрепилось в официальной фамилии. В основе лежит имя Михаил, но путь от него до Мишайкина не прямой, а через двойное уменьшение.

Сначала полное имя Михаил сократили до народной формы Мишай. Это не опечатка и не ошибка: в русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, суффикс -ай придавал именам ласкательный оттенок. Отсюда пошли Мишай, Васяй, Петряй. Затем к этой основе добавили ещё один уменьшительный суффикс — -к(а), получив Мишайка. Так нарекли ребёнка или младшего члена семьи: «маленький Мишай».

Фамилия Мишайкин образована по стандартной патронимической модели: сын Мишайки, то есть потомок человека, которого звали Мишайкой. Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Пушкин, Ильин, Фомин. Если бы в основе лежало имя Миша, вышла бы фамилия Мишин — но здесь именно двойное уменьшение, что говорит о неформальном, бытовом происхождении прозвища.

Географически фамилия Мишайкин встречается нечасто, но заметна в Мордовии, Чувашии и соседних областях. Это не случайно: в регионах финно-угорского субстрата русские имена нередко обрастали местными диалектными суффиксами, и форма Мишай там была привычнее, чем в центральной России. Встречается также вариант Мишакин — он мог возникнуть из той же основы, но с другим суффиксальным оформлением.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе фамилий от производных форм крестильных имён, где суффикс -ай (-яй) характерен для северных и восточных говоров. Таким образом, предок-носитель фамилии Мишайкин, скорее всего, жил в зоне смешения русских и местных традиций, а его личное имя или прозвище звучало как Мишайка — ласково, по-домашнему, но именно это слово и дало начало фамильному роду.