Основой фамилии Милайкин послужило мирское имя Милайка. Скорее всего, фамилия Милайкин имеет в своей основе имя, которое происходит от слова «милый», то есть «дорогой, желанный, привлекательный, хорошенький, нежный, кроткий». Также не исключено, что фамилия Милайкин ведет свое начало от прозвища Милайка, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милайка, со временем получил фамилию Милайкин.