Фамилия Милайкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Милайкин послужило мирское имя Милайка. Скорее всего, фамилия Милайкин имеет в своей основе имя, которое происходит от слова «милый», то есть «дорогой, желанный, привлекательный, хорошенький, нежный, кроткий». Также не исключено, что фамилия Милайкин ведет свое начало от прозвища Милайка, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милайка, со временем получил фамилию Милайкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Милайкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Милайкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.