Фамилия Мулайкин образована от прозвища или имени, которое в основе своей имеет тюркский корень. Скорее всего, это производное от слова «мулла» — духовное лицо у мусульман, знаток Корана и религиозных обрядов. В русской языковой среде к основе «мулай» (уменьшительно-ласкательная форма от «мулла», как «дядя» — «дядька») добавился типично русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: чей? — Мулайкин, то есть «сын Мулая» или «человек из семьи Мулая».

Модель образования здесь проста и показательна: сначала тюркское заимствование «мулла» адаптировалось в народной речи, превратившись в личное имя или прозвище Мулай (ср. с фамилиями Мулаев, Мулаков). Затем, через патронимический суффикс -ин, возникла фамилия. Такие фамилии характерны для районов с исторически смешанным русско-татарским населением — Поволжья, Приуралья, а также для казачьих областей, где контакты с тюркскими народами были особенно плотными.

Версия, что основа происходит от мордовского или марийского слова, менее правдоподобна, хотя и не исключена. В финно-угорских языках есть созвучные корни, но их связь с «муллой» как религиозным титулом прослеживается хуже. Гораздо вероятнее, что предок носителя фамилии был либо сам муллой, либо служил при мечети, либо получил прозвище за набожность, ученость или внешнее сходство.

Суффикс -ин в этой фамилии работает не как указание на женскую линию (как, например, в фамилиях на -ский), а именно как типичный русский патроним, что подтверждает давнюю ассимиляцию носителей в русскоязычной среде. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись, форма «Мулайкин» могла фиксироваться как «Мулайкинов» или с вариациями в окончании, но к XIX веку закрепился именно такой вариант.

Социальный контекст: фамилия не относится к дворянским или купеческим, а скорее к крестьянским или мещанским. Она распространена в основном в центральной России, Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Известных исторических личностей с этой фамилией в широких источниках не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших в сельской среде.