Фамилия Малайкин — редкий случай, когда основу можно трактовать двояко, и обе версии имеют равное право на существование. В отличие от типичных «профессиональных» или «географических» фамилий, здесь загадка кроется в самом корне.

Первый и самый очевидный вариант — связь с этнонимом «малаец». В русской среде так могли прозвать человека за смуглую кожу, узкий разрез глаз или просто за то, что он побывал в дальних странах и привёз оттуда диковинные истории. Однако не стоит думать, что речь обязательно о жителе Малайского архипелага. В XIX веке «малайцами» в просторечии иногда называли цыган (за схожий типаж) или даже просто темноволосых южан. Прозвище Малай мог получить и обладатель густого, чёрного, как смоль, чуба — от диалектного «малай» в значении «черномазый», «смуглый».

Вторая версия — тюркская. В татарском, башкирском и казахском языках слово «малай» означает «мальчик», «парень», «сын», а также «работник», «батрак». В этом случае фамилия Малайкин — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища Малай. Так могли назвать младшего сына в семье или, что ещё вероятнее, подростка, которого отдали в батраки. Фамилия с суффиксом -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Малайкин, то есть сын или потомок человека по имени (прозвищу) Малай. Эта версия особенно правдоподобна для Поволжья и Приуралья, где русские и тюркские народы веками жили бок о бок.

Суффикс -ин, а не -ов, — важная деталь. Он типичен для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -а/-я. Сравните: Малай — Малайкин, так же как Кузьма — Кузьмин, Илья — Ильин. Это указывает на то, что исходное прозвище или имя звучало именно как Малай, а не Малайко (от которого получился бы Малайков). География фамилии сегодня размыта, но заметная концентрация носителей встречается в Нижегородской области и в Башкортостане, что косвенно подтверждает обе версии — и «смуглого» прозвища, и тюркского имени.

Таким образом, предки современных Малайкиных могли быть либо смуглыми, черноволосыми людьми, получившими прозвище за внешность, либо потомками выходцев из тюркской среды, чьё имя или социальное положение (батрак, младший сын) закрепилось в фамилии. Однозначного ответа нет, и это как раз тот случай, когда семейное предание может оказаться ценнее любого словаря.