Фамилия Малайкова — женская форма от Малайков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Малайко. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Малай». Здесь вероятны два пути, и оба ведут к живой разговорной речи.

Первый и самый прямой — основа от прилагательного «малый» в значении «небольшой, младший». В русских говорах «малай» или «малой» — это не просто маленький человек, а часто младший сын, подросток или парень на побегушках. Суффикс -к- в прозвище Малайко — уменьшительно-ласкательный, типичный для украинской и южнорусской антропонимии (сравните: Ивашко, Федько, Петрусько). Таким образом, Малайко — «маленький, младшенький». Фамилия возникла, когда сына или внука Малайка начали записывать как «Малайков сын», то есть Малайков.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с тюркским словом «малай» (малай — «работник, батрак, мальчик-слуга»). В южных и восточных регионах России, где было сильно татарское и башкирское влияние, такое прозвище могли дать пришлому работнику или подростку из нерусских. Однако для фамилии Малайков эта версия слабее: суффикс -к- в русском слове «малай» нехарактерен, а вот для уменьшительного «малайко» — естественен.

Географически фамилия Малайков и Малайкова тяготеют к югу России: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к Украине. Встречается она и среди донских казаков. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель «чей сын», что окончательно закрепило фамилию за славянской традицией, даже если в основе лежит заимствование.

О сословной принадлежности носителей сказать сложно: фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях Малайковы чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые охраняли южные границы. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Малайко не было повсеместным — оно оставалось локальным, а значит, большинство современных Малайковых — потомки одной или нескольких семей из одного региона.