Фамилия Малайкина хранит в себе загадку, которую не разгадать без обращения к языкам народов Поволжья. Вопреки ожиданиям, её основа — не русское слово, а башкирское «малай», что значит «мальчик, мальчишка». От него образовали ласковое прозвище Малайка, которое и легло в основу фамилии.

Прозвище Малайка могли дать по-разному. Чаще всего — самому младшему в семье, подростку или юноше, которого так и звали домашние. Но не исключено, что прозвище отражало не возраст, а характер: весёлого, озорного человека, который до старости сохранял юношескую лёгкость и добродушие. В русской традиции такие прозвища нередко закреплялись за людьми, выделявшимися поведением или положением в семье.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Малайкина — «дочь (или жена) Малайки». Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан. Суффикс -к- в основе (Малайка, а не Малай) придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный оттенок, что типично для бытовых имён в русских и тюркских семьях.

География фамилии Малайкина связана преимущественно с регионами, где исторически соседствовали русские и башкирские земли: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Татарстан. Встречается она и в центральной России, но реже.

В отличие от многих фамилий с тюркскими корнями, которые восходят к именам или титулам (например, Малаев — от «малай» как социальный статус), Малайкина сохранила именно бытовое, даже ласкательное звучание. Это сближает её с фамилиями вроде Мальчиков или Пареньков, но с ярким региональным колоритом.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных боярских — её носителями были, скорее всего, крестьяне или казаки. Однако именно такие фамилии, рождённые из живого общения и прозвищ, часто оказываются самыми точными «документами» семейной истории, сохранившими слово, почти забытое в современном языке.