Фамилия Малайкев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а прозвище, связанное с этносом или внешностью. Её ядро — слово «малай» или «малаец». В русской среде так могли называть человека смуглого, черноволосого, похожего на южанина или азиата. В словаре В. Даля «малаец» — это просто «смуглый, черномазый», без обязательной связи с Малайским архипелагом. Прозвище давали не по национальности, а по цвету кожи и волос: крестьянин с тёмными глазами и жёсткими чёрными волосами легко получал кличку Малай.

Суффикс «-ев» указывает на типичную для русских фамилий патронимическую модель: Малайкев — «сын Малайка». Форма Малайко (или Малайка) — это уменьшительное от прозвища Малай, характерное для украинского и южнорусского именослова. Такие фамилии на «-ко» (Малайко, Малайченко) часто переделывали на великорусский лад, добавляя «-ев»: так появился Малайкев. Встречается и белорусский вариант с суффиксом «-кевич» (Малайкевич), но Малайкев — это уже русифицированная форма, закрепившаяся в XIX веке.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В переписях XIX века Малайкевы встречаются в Курской, Воронежской губерниях, а также среди казачьих фамилий на Дону. Казаки часто давали прозвища по внешности, и «малай» там было ходовым словом для обозначения смуглого или чернявого человека. В некоторых говорах «малай» означал ещё и «малорослый», но для фамилии эта версия менее вероятна — ударение в прозвище падало на второй слог (мала́й), а не на первый.

Спорных версий две. Первая — от тюркского «малай» (мальчик, парень), но это скорее имя, а не прозвище, и фамилия тогда звучала бы как Малаев. Вторая — от калмыцкого «мала» (скот), что совсем натянуто. Самая правдоподобная гипотеза остаётся бытовой: предок носителя фамилии выделялся среди светловолосых соседей тёмной внешностью, и это закрепилось в родовом имени. Никаких дворянских корней или известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или казачья фамилия, образованная от живого прозвища.