Фамилия Марайкин — один из тех случаев, когда корень слова не даёт однозначного ответа, и исследователям приходится выбирать из нескольких версий. По самой распространённой гипотезе, в основе лежит прозвище Марайка, которое связывают с глаголом «мараковать». В старину у этого слова был двойной смысл: оно означало и «плохо понимать, быть несообразительным», и наоборот — «уметь, мочь, иметь практическую сметку». Так что Марайкой могли прозвать как тугодума, так и человека с хваткой, который всё умеет делать своими руками. Есть и третий вариант: тот же корень, что и в глаголе «марать» — тогда прозвище давали неопрятному человеку, который ходит в грязной одежде.

Вторая версия выводит фамилию за пределы великорусской традиции. По ней Марайкин — мордовская фамилия, образованная от дохристианского личного имени Марайка. В мордовских языках слово «марай» означает «строитель», и прозвище могло указывать на ремесло предка. Такие фамилии на -ин в мордовской среде — обычное дело: они строились по той же модели, что и русские, от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Марайки». Фамилия редкая, географически тяготеет к Поволжью, что косвенно поддерживает мордовскую версию. Однокоренных фамилий мало: можно вспомнить разве что Мараев, но там другая основа.