Фамилия Марайкин — и её более редкая форма Марайкины — относится к типу русских фамилий, образованных от личного прозвища. В основе лежит прозвище Марайка, и у него есть как минимум две версии происхождения.

Первая версия связывает Марайку с глаголом «мараковать». В старину это слово имело два противоположных значения: «плохо понимать, быть несообразительным» и «уметь, мочь, разбираться в деле». Исходя из этого, Марайкой могли прозвать человека тугодума, либо, наоборот, практичного умельца. Вторая версия отталкивается от глагола «марать» — в таком случае прозвище указывало на неопрятного человека, пачкуна.

Есть и третья, менее очевидная гипотеза: фамилия может иметь мордовские корни. В этом случае в основе лежит дохристианское мордовское имя Марайка или прозвище от слова «марай», которое переводят как «строитель». Такая версия объясняет, почему фамилия встречается в Поволжье, где исторически сильны финно-угорские влияния.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марайкин буквально означает «сын Марайки» или «человек из рода Марайки». Это стандартная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

Сейчас сложно определить, где именно и когда фамилия появилась впервые. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и документальных свидетельств о первых Марайкиных сохранилось немного. Встречается она в центральных областях России и в Поволжье — что косвенно подтверждает обе версии, и славянскую, и мордовскую.