Фамилия Мараев в своей основе имеет прозвище Марай. Оно восходит к глаголу «марать» — грязнить, чернить, пачкать. В пермских говорах мараем называли место, где в жару лежат свиньи. Отсюда прямой ход к значению прозвища: так могли прозвать человека, занятого грязной работой — маляра, трубочиста, печника или того, кто возился с землей и глиной.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мараев — сын Марая. Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ай. Подобные фамилии встречаются нередко, например, Бараев, Гуляев, Плеханов, но у Мараева есть своя особенность: прозвище могло быть не только профессиональным, но и иронично-обиходным — «грязнулей» или «неряхой» могли назвать и ребенка, и взрослого неопрятного человека.

Есть и другая версия, менее распространенная, но любопытная. Некоторые исследователи связывают фамилию Мараев с женским мусульманским именем Маруя, которое с персидского переводится как «добрая весть» или «добрый знак». Среди фамилий восточного происхождения те, что образованы от женских имён, — редкость, что делает эту гипотезу спорной, но не исключительной. В пользу славянской версии говорит география ранних носителей.

В Книге памяти Республики Мордовия упоминается Иван Васильевич Мараев, родившийся в 1874 году в селе Киржеманы Чамзинского района. В Книге памяти Нижегородской области записан Иван Михайлович Мараев, родившийся в 1883 году и живший в селе Вторусское Арзамасского района. В Книге памяти Республики Татарстан числится Иван Сергеевич Мараев из села Каймары Высокогорского района. Все три записи относятся к концу XIX века и охватывают территорию Среднего Поволжья — зону активных русско-мордовских и русско-татарских контактов. Это не случайно: именно здесь пересеклись две возможные линии происхождения фамилии — славянская прозвищная и восточная именная.