Фамилия Мишанькин восходит к народной форме крестильного имени Михаил — Мишанька. Само имя в переводе с древнееврейского означает «равный, подобный Богу» и у славян дало множество уменьшительных вариантов: Миха, Михал, Михалко, Миша, Михайло, Михаля, Мишанька. Последняя форма и легла в основу фамилии, а суффикс -ин указывает на принадлежность: Мишанькин буквально значит «сын Мишаньки», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Мишанькой.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: от уменьшительного имени на -а/-я образовывали притяжательное прилагательное с суффиксом -ин. Так появились десятки русских фамилий — Васькин, Петькин, Колькин. Фамилия Мишанькин стоит в этом же ряду, но с более редкой основой: форма Мишанька встречается реже, чем просто Миша, поэтому и фамилия не столь частая, как Мишин или Мишаков.

Интересно, что имя Михаил на Руси было одним из самых любимых. Его носили многие князья и святые, а потому и производных форм накопилось великое множество. Часть из них дала самостоятельные фамилии: Михайлов, Михалев, Михалкин, Мишагин, Мишин, Мишуткин. Мишанькин — одна из таких ветвей, и по ней можно судить, что предок носителя фамилии жил в среде, где использовали именно эту, чуть более ласковую или простонародную форму имени.

С именем Михаил связано и почитание архангела Михаила, небесного покровителя ряда городов. В православной иконографии известны сюжеты «Чудо Архистратига Михаила в Хонех», «Явление Архангела Михаила Иисусу Навину» и «Собор Архангела Михаила». Архангел Михаил изображён на гербах Архангельска и Киева, считается покровителем и Сочи, а в Киеве ему посвящён Михайловский златоверхий монастырь. Прямой связи между этими фактами и фамилией Мишанькин нет — имя было распространено повсеместно, а не только в местах особого почитания архангела.

Точных сведений о том, где именно впервые зафиксирована фамилия Мишанькин, в открытых источниках нет. Судя по форме, она могла возникнуть в северных или центральных русских говорах, где уменьшительные имена на -анька были особенно употребительны. Но это лишь предположение, основанное на диалектных особенностях, а не на документальных данных.

Какого-либо известного дворянского рода Мишанькиных история не сохранила. Фамилия осталась крестьянской или мещанской по происхождению, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных имён: их давали людям незнатного звания, и в документах они закреплялись постепенно, начиная с XVII–XVIII веков. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохраняет память о предке, которого домашние звали Мишанькой, — и в этом её ценность как живого следа языка и быта прошлых столетий.