Фамилия Мишанька — редкий случай, когда фамилия почти дословно повторяет уменьшительную форму имени. В основе лежит имя Михаил, а точнее, его просторечный вариант Мишаня. Суффикс -к- в имени Мишанька (от Мишаня) носит ласкательный оттенок, и вся фамилия образована напрямую от этой формы без каких-либо дополнительных родовых суффиксов вроде -ов или -ин. Такая модель — когда фамилия совпадает с личным именем или прозвищем в именительном падеже — типична для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -а и -о встречаются гораздо чаще, чем в великорусских землях.

Обычно фамилии, образованные от канонических имён, проходили стадию прозвища. Скорее всего, прозвище Мишанька дали либо самому носителю — молодому парню или ребёнку, которого так звали в семье, — либо отцу семейства, которого в быту называли ласково. В документах XVII–XVIII веков на юге России и в Малороссии можно встретить записи вроде «казак Мишанька», где форма имени выступала и как личное имя, и как фамильное прозвание.

Интересно, что фамилия Мишанька могла закрепиться и без перехода в стандартную патронимическую форму (Мишанькин, Мишаничев) именно потому, что в среде, где она возникла, фамилии только начинали оформляться. В крестьянской или казачьей среде человека могли записать по тому имени, которое он носил в повседневности — отсюда такие «живые» фамилии, как Мишанька, Васька, Петрусь. Это не ошибка писаря, а отражение реального произношения и бытового уклада.

Фамилия нечастотная, встречается преимущественно в западных областях России, в Беларуси и на Украине. В центральной России её могли «русифицировать» до Мишанькин, но исходная форма сохранилась именно там, где сильны традиции украинского и белорусского словообразования.