Фамилия Мишаньков — яркий пример того, как в русской ономастике обычное имя может обрасти редкими суффиксами и тем самым стать уникальным. В основе лежит имя Михаил, которое в народной, бытовой речи дало множество уменьшительных форм: Миша, Мишаня, Мишанька. Фамилия образована от формы «Мишанька» с помощью патронимического суффикса -ов, который буквально означает «чей?» — то есть «сын Мишаньки». Интересна здесь двойная суффиксация: сначала к имени Михаил добавили ласкательный суффикс -аньк- (как в словах «маменька», «батенька»), а затем к получившемуся прозвищу — фамильный -ов.

Такая модель встречается реже, чем стандартные Мишин или Михайлов. Она характерна для северных и центральных губерний России, где любили сложные ласкательные формы. Прозвище Мишанька могло закрепиться за человеком не только по имени отца, но и как самостоятельное семейное прозвище — например, за младшего в роду или за того, кого в деревне ласково звали в глаза и за глаза. Суффикс -аньк- придаёт фамилии оттенок теплоты, что выделяет её среди строгих официальных форм.

Географически фамилия Мишаньков тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — это зона бытования севернорусского говора с его любовью к уменьшительным суффиксам. В писцовых книгах XVII века такие прозвища встречаются, но массово фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права, когда крестьянам давали фамилии по имени или прозвищу главы семьи.

Сословная принадлежность предков Мишаньковых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, возникшая в гуще сельского быта. Правописание устойчивое: через «о» в суффиксе (Мишаньков, а не Мишанькев), что указывает на твёрдый тип склонения и окончательную фиксацию в документах XIX века.