Фамилия Мешайкин в большинстве случаев восходит к имени Мешайка — просторечной, производной форме канонического имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «благонравный». Такая модель образования, когда полное имя сокращали и добавляли уменьшительный суффикс, была повсеместной в русской деревне, поэтому потомки Михаила, которого домашние звали Мешайкой, со временем и получили фамилию Мешайкин.

Однако есть и другие версии, и они добавляют фамилии глубины. Имя Мешайка могло иметь и коми-основу: в языке коми слово «меша» переводится как «говорить». В этом случае прозвище Мешайка могло закрепиться за говорливым, словоохотливым человеком. Такая версия особенно правдоподобна, если учесть, что фамилия бытует в северных и приуральских регионах, где коми-население веками соседствовало с русскими.

Не стоит сбрасывать со счетов и чисто русскую, «глагольную» этимологию. Прозвище Мешайка могли дать человеку, который постоянно что-то перемешивал, спутывал, сбивал — в прямом или переносном смысле. Но у этой версии есть и профессиональное прочтение. Мешалкой в поварском деле называли того, кто готовил, смешивал ингредиенты, так что прозвище могло указывать на повара или его помощника. Из всех версий эта выглядит наиболее живой: она объясняет, почему прозвище вообще возникло, тогда как от имени Михаил сокращение «Мешайка» звучит не слишком естественно для русского языка.

Выбрать одну версию сложно, но словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин — однозначно указывает на притяжательное значение: Мешайкин означает «чей-то сын», «ребёнок Мешайки». В документах фамилия встречается как минимум с конца XIX века. Так, в Книге памяти Орловской области упоминается Михаил Иванович Мешайкин, родившийся в 1888 году в деревне Желтиково Лихвинского уезда Калужской области. Интересно, что имя Михаил при этом соседствует с фамилией, что как бы подтверждает связь с именем, хотя и не снимает вопрос о прозвищном происхождении.