Фамилия Мешакина — женская форма фамилии Мешакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Мешака. Основа здесь — глагол «мешать» в его старом, более широком значении: не только «перемешивать», но и «препятствовать, быть помехой, сбивать с толку». В русских говорах «мешакой» могли называть неловкого, неуклюжего человека, который всё путает и роняет, или, напротив, намеренного смутьяна и спорщика, того, кто «мешает» общему делу. Встречалось и значение «мешкотный, медлительный» — от слова «мешкать», то есть тянуть, задерживать.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мешакин буквально означает «сын Мешаки» или «человек из рода Мешаки». Это типичная модель образования русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от основ на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ на -а, -я, и это помогает отличить фамилию от, скажем, однокоренной Мешаков (если бы она существовала).

Географически фамилия Мешакина не относится к числу широко распространённых. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, а также в Поволжье — там, где были сильны традиции мирских имён, нецерковных прозвищ, которые давали в быту. Ономастические словари (например, работы В. А. Никонова) фиксируют, что фамилии с корнем «меш-» нередко связаны с диалектными значениями: в архангельских говорах «мешака» — это ещё и «мешок» или «тюк», так что нельзя исключать и прозвище по внешности или одежде — мешковатого, полного человека.

Сословная принадлежность предков Мешакиных, скорее всего, была крестьянской или посадской: прозвища, лёгшие в основу таких фамилий, давали в среде, где человека ценили за характер или приметную черту, а не за родовитость. В дворянскую среду фамилия не попала — в родословных книгах она не значится. Так что носительница фамилии Мешакина может быть уверена: её предки — люди с яркой, запоминающейся характеристикой, закреплённой в прозвище несколько веков назад.