Фамилия Мешаев — редкий случай омонимии: под одной и той же записью скрываются две совершенно разные фамилии, русская и кавказская, с разными корнями и историями. Поэтому ответ на вопрос, откуда она пошла, зависит от того, о какой ветви рода идет речь.

Русская фамилия Мешаев ведет начало от прозвища Мешай, которое восходит к глаголу «мешать». В старину так называли человека, занятого перемешиванием густых веществ, — например, теста, глины или краски. Не исключено также, что прозвище относилось к мастеру, делавшему мешалки — простые, но необходимые в хозяйстве приспособления. Однако у глагола «мешать» есть и другое значение — «препятствовать, быть помехой». Это дает основание полагать, что Мешаем могли иронично прозвать докучливого человека, который вечно путался под ногами или мешал общему делу.

Прозвище Мешай и фамилия Мешаев документированы довольно рано. В труде С. Б. Веселовского упоминаются Мешай Гриднев, дворецкий казанского владыки (1565 год), и Иван Мешаев, дьяк московского Судного приказа (1584 год). Эти записи показывают, что уже в XVI веке фамилия бытовала среди служилых людей и церковных управленцев, то есть не была чисто крестьянской или простонародной.

Кавказская фамилия Мешаев, предположительно, происходит от татского (горско-еврейского) имени Мишай, которое является вариантом имени Моисей. В переводе с древнееврейского оно означает «извлеченный из воды». Эта версия связывает фамилию с горско-еврейской традицией, хотя в современных записях носители фамилии встречаются и среди балкарцев, что говорит о давних межэтнических контактах в регионе.

География бытования фамилии широка и показательна. Так, в Книге памяти Иркутской области записан Мешаев Максим Платонович, родившийся в 1907 году в Орловской области, в селе Нижний Варгал. А в Книге памяти Кабардино-Балкарской Республики упоминается балкарец Мешаев Кайтмурза Кучукович, рожденный в 1891 году в селе Нижний Хулам Балкарского округа. Эти примеры лишний раз подтверждают: перед нами не одна, а две самостоятельные фамилии, которые просто совпали по написанию.