Фамилия Мишутин образована от имени Мишута, народной формы крестильного мужского имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишута, со временем получил фамилию Мишутин.