Фамилия Мишуто — редкий пример, когда суффикс рассказывает о происхождении больше, чем корень. Окончание -о указывает на украинскую или белорусскую языковую среду: в этих регионах фамилии на -о (Мишуто, Ковальо, Данило) естественны, тогда как в великорусских говорах они почти не встречаются. Если бы фамилия была русской, мы бы увидели Мишутин или Мишутов.

Основа — Мишут — это уменьшительная форма от имени Михаил. В славянской народной традиции имя дробилось на множество производных: Миша, Мишук, Мишутка, Мишута. Форма Мишуто, скорее всего, возникла в западнорусских землях, где суффикс -ут- использовался для ласкательных или фамильярных вариантов имён. Аналог — Демут (от Демьян) или Васюта.

По другой версии, менее вероятной, фамилия могла произойти от прозвища Мишута, связанного с глаголом «мишутить» — в некоторых говорах так называли человека, который делает мелкую, кропотливую работу, возится с мелочами. Но эта гипотеза не подкреплена надёжными диалектными записями, и большинство ономастов (в частности, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) склоняются к версии с именем Михаил.

Географически фамилия тяготеет к западным областям: чаще всего её фиксируют в Гродненской и Минской губерниях, реже — в Смоленской и Черниговской. В современных российских базах Мишуто встречается единично, что подтверждает её локальный, западнорусский характер.

Социальный срез предсказуем: в XIX веке носители фамилии — крестьяне и мещане, без дворянских корней. Фамилия не попала в родословные книги, не обросла легендами о знатном происхождении. Её ценность — в прозрачной словообразовательной модели, которая прямо говорит: предка звали Мишуто, то есть маленьким Мишей.