Фамилия Мишуточкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а уменьшительно-ласкательная форма от уже уменьшительной формы. Разберём цепочку: имя Михаил в народной речи превратилось в Мишуту. Суффикс -ут- в русских именованиях (как в Ванюта, Петрута) давал ласковый или фамильярный оттенок. От Мишуты образовали Мишуточка — так могли называть ребёнка или младшего члена семьи, причём двойной уменьшительный суффикс (-ут- + -очк-) усиливал нежность. Фамилия Мишуточкин — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: буквально «чей?» — Мишуточкин, то есть сын, внук или человек из семьи Мишуточки.

В отличие от массовых фамилий вроде Мишутин или Мишуков, форма Мишуточкин почти не встречается за пределами центральной России. Судя по архивным записям, её носители в XIX веке фиксировались преимущественно в Тверской и Ярославской губерниях — в зоне бытования говоров, где любили двойные уменьшительные суффиксы. Это не дворянская и не купеческая фамилия: скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а прозвище Мишуточка закрепилось за конкретным человеком — возможно, за младшим сыном в семье или за тем, кого в детстве так баловали, что ласковое имя стало основным.

Интересно, что в старых метрических книгах фамилию иногда записывали через «а» — Мишутачкин, что указывает на живое произношение: в говорах безударное «о» после шипящих часто редуцировалось. Однокоренные фамилии — Мишутин, Мишуткин — встречаются гораздо чаще, и именно на их фоне Мишуточкин выглядит как более камерный, «домашний» вариант. Если ваш предок носил такую фамилию, он, вероятно, происходил из среды, где ценили неформальные, тёплые именования, и эта особенность закрепилась в официальном родовом имени.