Фамилия Михуткин напрямую рассказывает, как в старину звали её первого носителя. В её основе лежит не полное церковное имя, а домашняя, просторечная форма — Михутка. Так на Руси ласково или попросту, по-свойски, называли человека, носившего имя Михаил. Само имя пришло из древнееврейского языка и переводится как «благонравный», а в христианской традиции оно неразрывно связано с Архангелом Михаилом, предводителем небесного воинства. Именно поэтому ребёнка, появившегося на свет в день памяти Архангела — 8 ноября по старому стилю, — часто нарекали Михаилом, а в быту звали Михуткой.

У имени Михаил на Руси сложилось необычайно много уменьшительных вариантов: Миха, Михал, Михалко, Миша, Михайло и, конечно, Михутка. Такое разнообразие говорит о невероятной популярности имени: по частоте употребления оно веками соперничало с Иваном. Из этого множества форм и выросли десятки разных фамилий: Михайлов, Мишин, Михалев, Михалкин и, в том числе, Михуткин. Суффикс -ут- в основе Михутка придаёт имени оттенок особой мягкости, а порой и иронии, что было свойственно народной традиции именования.

Сам механизм образования фамилии типичен для русской ономастики: к основе Михутка добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Сначала Михуткин означало «сын Михутки» или «человек из семьи Михутки». Со временем притяжательное значение стёрлось, и фамилия закрепилась за родом уже как наследственное имя. В документах она фиксировалась в форме Михуткин, хотя в устной речи могли встречаться и варианты с ударением на разных слогах, что не меняло её сути.

Стоит отметить, что церковное предание, о котором напоминает имя Михаил, добавляет фамилии символический ореол. В Откровении Иоанна Богослова описана небесная битва, в которой Архангел Михаил со своими ангелами низвергает с небес великого дракона — древнего змия, называемого дьяволом и Сатаною. Для предков Михуткиных это был не просто красивый сюжет, а напоминание о защитнике и заступнике, имя которого они носили. Поэтому, даже утратив прямую связь с личным именем, фамилия Михуткин сохранила память о древнем пласте народной культуры, где церковные каноны и живая речь переплетались воедино.