Фамилия Михутов — один из тех случаев, когда за привычным окончанием -ов скрывается неочевидная основа. Если сразу предположить, что корень «Мих-» связан с именем Михаил, то это верно лишь отчасти. Дело в том, что полная форма имени Михаил дала фамилии вроде Михайлов, а вот Михутов образована от одной из его обиходных, народных форм — Михута. Уменьшительно-ласкательные суффиксы -ут(а) в русских говорах встречались не так часто, как -к(а) или -ш(а), что делает эту фамилию более редкой по словообразовательной модели.

Вероятнее всего, Михута — это внутрисемейное или уличное прозвище человека по имени Михаил. В древнерусской традиции такие «полуимена» на -ута (ср. Петрута, Валюта) не были официальными, но прочно закреплялись в быту, а затем переходили в фамилию сына или внука: «чей?» — Михутов. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был потомком некоего Михуты.

Второй, менее вероятный вариант — что в основе лежит не имя, а прозвище от глагола «михутить» или диалектного слова «михутка», означавшего что-то вроде «вертлявый», «непоседливый» (в некоторых говорах так называли шаловливого ребенка). Однако эта версия не имеет широкого подтверждения в ономастических словарях, поэтому основная гипотеза — именно от имени Михаил.

Фамилия Михутов распространена в основном в центральных и восточных регионах России, встречается в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и служилых людей. Социальный состав носителей был разным: от посадских людей до однодворцев, но фамилия никогда не была дворянской или аристократической. В современных справочниках она не слишком частотна, что объясняется именно редкостью исходной формы имени.