Фамилия Мачунин — это «маленький» вариант отчества: она образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике означает «чей-то сын» или «чей-то человек». Основа здесь — личное имя или прозвище Мачуня. Именно от этой уменьшительной формы и пошла фамилия.

Корень у слова неочевидный, и тут возможны две версии. Первая и самая прямая: Мачуня — это производное от крестильного имени Матвей (в народной форме Матфей, Матюня). В русских говорах имя легко «перекраивалось»: Матюня → Мачуня (с чередованием т/ч). Такая модель встречается сплошь и рядом: Матюхин → Мачухин, Матюшин → Мачушин. Вторая версия отсылает к прозвищу, связанному с глаголом «махать» или «мачить» (в диалектах — «качать», «двигать»). Мачуней могли прозвать человека с размашистой походкой или того, кто работал с веялкой — «махалкой» на току. Однако первая версия, через имя Матвей, выглядит убедительнее: уменьшительные имена были главным источником русских фамилий, а прозвищный след здесь менее типичен для суффикса -ин.

Географически фамилия Мачунин встречается не повсеместно. Основной ареал — юг России и Украина, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также бывшие казачьи земли. Это подсказывает, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из малороссийских губерний или донскими казаками, у которых прозвищные и именные фамилии на -ин были обычным делом.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Матюнин или Матюхин, у Мачунина нет «прозрачной» связи с полным именем. Человек с такой фамилией вряд ли сразу догадается, что его предка звали Матвеем, — в этом и состоит её особенность. Фамилия как бы «зашифрована»: она звучит по-русски, но корень спрятан за диалектным стяжением, которое сегодня уже не употребляется. Это делает её редкой находкой для ономастики — пример того, как живая речь превратила обычное имя в неочевидную фамилию.