Фамилия Мачунина — женская форма от Мачунин, и её разумнее всего начинать с разбора мужского варианта. В основе фамилии лежит прозвище Мачуна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мачунин — это «сын Мачуны» или, шире, «человек из рода Мачуны». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а или -я.

Прозвище Мачуна, скорее всего, связано с глаголом «махать» или «мачать» (качать, колебать). В северных и сибирских говорах «мачуна» могли называть человека неуклюжего, размашистого в движениях или, наоборот, того, кто любит махать руками при разговоре. Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного «мач» — вид рыбы или снасти, но для прозвища человека такое значение встречается редко.

Географически фамилия Мачунин (и Мачунина) тяготеет к северо-востоку Европейской части России. Чаще всего она встречается в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии — регионах, где активно бытовали севернорусские говоры. Там слово «мачуна» в значении «неповоротливый человек» было в ходу, что и закрепилось в фамилии.

Интересная деталь: фамилия Мачунин — редкая по сравнению с однокоренными Махонин или Махин. Это говорит о том, что прозвище Мачуна не получило широкого распространения, а закрепилось локально, в нескольких родах. Носительница фамилии Мачунина, таким образом, почти наверняка имеет предков из этого северного или приуральского региона, где прозвище дали по характерной, заметной черте поведения.