Фамилия Манунина — женская форма от Манунин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Мануня. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Мануил (церковнославянский вариант имени Эммануил, означающего «с нами Бог»). Такое имя давали в честь святого, чаще всего — великомученика Мануила, пострадавшего за веру в IV веке.

В быту имя Мануил сокращали до Мануня, как Ваня от Иван или Маня от Мария. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Манунин буквально значит «сын Мануни» или «из дома Мануни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге, где чаще встречается -ов/-ев.

Интересная деталь: фамилия Манунин (и её женская форма) встречается реже, чем однокоренная Мануйлов, образованная от полной формы имени. Это говорит о том, что предки носителя фамилии использовали обиходный, домашний вариант имени. Скорее всего, это были крестьяне или мещане, в среде которых фамилии закреплялись по прозвищам, данным в семье или общине.

В некоторых говорах «мануня» могло быть и прозвищем — ласковым обращением к ребенку или человеку с мягким характером, от диалектного «манить» (звать, привлекать). Но основная версия, подкрепленная ономастическими словарями, — происхождение от имени Мануил. Фамилия недворянская: в списках столбовых дворян она не значится, что подтверждает её народное, «простое» происхождение.