Фамилия Малунина — это женская форма, а мужская, Малунин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от основы на согласный с суффиксом -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Малунин буквально значит «сын Малуны» или «человек из семьи Малуны». Здесь ключ к разгадке — само имя или прозвище Малуна.

Вероятнее всего, в основе лежит уменьшительная форма личного имени Мала — так в быту называли обладателя редкого сегодня имени Малахий (древнееврейское «посланник») или, что более вероятно, человека с каким-то «малым» признаком: низкого роста, младшего в семье. В русских говорах слово «мала» (или «малый») — постоянный эпитет для младшего сына или подростка. Форма Малуна — это ласкательный вариант, как Петруна от Пётр или Валуна от Валентин. Суффикс -ун- здесь придаёт оттенок просторечной нежности, характерной для северных и центральных говоров.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. В некоторых диалектах «малун» могли называть человека, который «малит» — то есть мельчит, дробит, или же того, кто занимался мелкой работой, например, толокном или крупой. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол «малить» в значении «делать мелким» встречается редко и не даёт устойчивого прозвища.

Географически фамилия Малунин (и, соответственно, Малунина) тяготеет к северо-востоку европейской части России — к Вятке, Пермскому краю, Костромской области. Там традиционно были сильны родовые прозвища, и суффикс -ин встречается чаще, чем в южных регионах. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы принесли свои фамилии в XVII–XVIII веках.

Что касается социального происхождения: носители фамилии Малунин в подавляющем большинстве — крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не известно, в реестрах служилых людей она не значится. Это типичная «фамилия от прозвища», которая закрепилась за одной семьёй в конкретной деревне и передавалась по мужской линии. Женская форма Малунина, таким образом, — это фамилия дочери или жены того самого Малуны, который, скорее всего, был просто «малым» в своей семье или невысоким мужчиной.