Фамилия Малунов произошла от мирского имени или прозвища Малун. Чаще всего так ласково называли ребёнка в семье — от слова «малый», «малец». В русских деревнях младшего сына или невысокого ростом человека могли окликнуть Малуном, и это именование закреплялось за ним на всю жизнь. Потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Малунов.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Малун. Такая схема указывает на принадлежность — буквально «сын Малуна». Если бы прозвище звучало как Малуня, фамилия стала бы Малунин, но в данном случае исходная форма мужского рода.

Интересно, что прозвище Малун могло быть не только уменьшительным, но и ироничным — так могли прозвать взрослого человека невысокого роста или того, кто в детстве долго оставался маленьким. В любом случае, в основе лежит общеславянский корень *mal- со значением «маленький». В ономастике это типичный случай, когда фамилия образована от характеристики внешности или возраста, а не от профессии или места жительства.

По географии фамилия Малунов встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Встречаются варианты написания с одной «н» — Малунов, что соответствует стандартной русской орфографии. Среди однокоренных фамилий можно назвать Малов, Малухин, Малютин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами.