Основой фамилии Малунов послужило мирское имя Малун. Фамилия Малунов, скорее всего, была образована от ласкательного прозвища Малун, которое родители дали ребенку. В семьях ребенка часто называли просто Малой, Малец или Малун. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малун, со временем получил фамилию Малунов.