Фамилия Магунов образована от прозвища или нецерковного имени Магун. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит слово «маг» (от греческого magos — «жрец, волшебник, чародей»). В древнерусском языке «магом» могли называть не только колдуна, но и хитрого, изворотливого человека, умеющего «заговаривать зубы» или обводить вокруг пальца. Таким образом, предок Магуновых мог быть знахарем, ворожеем или просто человеком с репутацией прорицателя.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества или фамилии: «чей?» — Магунов, то есть сын Магуна. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и распространена она преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Встречается и вариант написания с одной «н» — Магунов, хотя по правилам орфографии ударение падает на второй слог: Магýнов.

Интересно, что фамилия Магунов не связана с глаголом «манить» или словом «магнит», как иногда ошибочно думают. В ономастике есть родственная фамилия Магунов, но она происходит от другого корня — от диалектного «мага» (скупой, жадный) или от тюркского имени Магун. Однако для русской фамилии Магунов версия с «магом» и «колдовством» — самая прямая и подтверждается словообразованием: суффикс -ун в основе прозвища (Магун) типичен для именований по действию или качеству (Болтун, Молчун, Хвастун).