Фамилия Магун — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В основе лежит древнерусское слово «магун», которое означало колдуна, волшебника, знахаря или кудесника. В этом значении слово фиксируется в памятниках древнерусской письменности и в диалектах: магун — тот, кто «магует», то есть ворожит, заговаривает, лечит заговорами. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был не просто человеком с необычным прозвищем, а реальным деревенским знахарем или ведуном, к которому ходили за помощью.

Словообразовательная модель здесь минималистична: фамилия представляет собой застывшую форму прозвища без какого-либо фамильного суффикса. Это так называемые «прозвищные» фамилии, которые не присоединяли к себе окончания -ов, -ин или -ский. Такие фамилии чаще встречались на Украине, в Белоруссии и в южнорусских землях, где традиция оставлять прозвище в качестве родового имени была сильнее, чем в центральной России. Если бы фамилия оформлялась по великорусской модели, мы бы имели «Магунов» или «Магунин».

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с тюркским корнем. В ряде тюркских языков «магун» (или близкие формы) означает «печаль», «горе», «тоска». Однако эта гипотеза слабая: прозвища по абстрактным эмоциональным состояниям в русской среде почти не встречаются, а имя «Печаль» или «Тоска» в качестве прозвища не зафиксировано. Куда правдоподобнее, что перед нами именно русское диалектное слово с конкретным занятием — колдовством.

Фамилия Магун — географически редкая. Она встречается в основном в западных и южных регионах бывшей Российской империи: на Украине, в Белоруссии, в Курской и Воронежской областях. Встретить её в Сибири или на Русском Севере почти невозможно. Среди известных носителей можно вспомнить разве что советского психолога и социолога Владимира Магуна, но его фамилия имеет ту же природу, что и у всех остальных Магунов, — прозвище предка-знахаря.

Интересная деталь: фамилия Магун — одна из немногих, которая напрямую отсылает к языческим практикам и народной медицине. В то время как большинство «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Мельников, Плотников) указывают на ремёсла, разрешённые и уважаемые обществом, Магун — это память о человеке, стоявшем на грани официальной церкви и народного язычества. Такое прозвище могли дать не в шутку, а с опаской или уважением.