Фамилия Мальгун — редкий случай, когда звучание обманчиво: она не похожа на типичную русскую фамилию, но её корни, скорее всего, именно русские, хотя и неочевидные. С точки зрения словообразования, это «голая» основа без суффикса — типичная модель для прозвищ, которые позже стали фамилиями (сравните: Губин, Носов, но и просто Нос, Борода). В данном случае фамилия образована от прозвища Мальгун без добавления -ов, -ин или -ский, что встречается реже и часто указывает на позднее закрепление или региональные особенности, например, в южнорусских и украинских говорах.

Самая вероятная версия связывает Мальгуна с диалектным словом «мальгун» — в курских, воронежских и донских говорах так называли ленивого, медлительного человека или, напротив, того, кто «мается», то есть бездельничает. Глагол «мальговать» (или «мальганить») означал «шататься без дела, бить баклуши». Таким образом, первый носитель фамилии получил прозвище по характеру или поведению — либо его считали нерасторопным, либо, в ироничном ключе, слишком праздным. Есть и менее распространённая версия: от тюркского корня «мал» (скот, имущество) с добавлением «-гун» — в таком случае прозвище могло относиться к скотоводу или зажиточному хозяину, но для русского бытования это менее типично.

Географически фамилия Мальгун встречается крайне редко и локализована в основном в Черноземье и на Кубани — именно там, где диалектная лексика сохранила слово «мальгун». В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении: вероятно, в XIX веке прозвище перешло в фамилию у крестьян или однодворцев, а окончательно закрепилось уже в советское время при паспортизации. Сословного аристократического происхождения у неё нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мальгин, Мальгунов, Мальга — показывает, что Мальгун стоит особняком. Если Мальгин образован от имени Мальга (уменьшительное от Малафей или Малахия) через суффикс -ин, то Мальгун — прямое прозвище. Это редкий случай, когда фамилия сохранила исходную форму без грамматической обработки, что делает её ценной для историков языка. Носителям стоит искать корни не в дворянских архивах, а в списках крестьян Курской или Воронежской губерний — там, где «мальгуном» могли назвать соседа-лентяя или, наоборот, шутника, который вечно «мается».