Фамилия Мальгунов звучит так, словно в ней скрыта загадка: корень «мальгун» не сразу поддаётся толкованию. На первый взгляд, это типичная русская фамилия с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?» — Мальгунов, то есть сын или потомок Мальгуна). Но что значило само прозвище Мальгун?

Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «мальга». В северных и сибирских говорах «мальга» — это мелкая рыба (вроде снетка или малька), а также, в переносном смысле, невысокий, щуплый человек. Соответственно, Мальгун — тот, кто связан с мальгой: либо рыбак, промышляющий мелкой рыбой, либо прозвище человека маленького роста, «малька». Суффикс -ун в русских прозвищах часто придаёт значение деятеля или носителя признака (сравните: говорун, шатун, молчун). Так что Мальгун — это «тот, кто мальга» или «тот, кто ловит мальгу».

Существует и менее очевидная версия — от тюркского имени или прозвища. В некоторых тюркских языках «мал» означает скот, а «гун» — день или войско. Однако такое толкование выглядит натянутым и не подкрепляется географией фамилии. Мальгуновы — фамилия, распространённая преимущественно в центральной России и Поволжье, что говорит о её русских корнях.

Интересно, что у фамилии есть вариант с другим суффиксом — Мальгунин. Там основа та же, но оформление по модели -ин (от основ на -а, -я). Обе формы могли возникнуть независимо в разных областях. Таким образом, предок носителя фамилии Мальгунов, скорее всего, был либо невысоким крестьянином, либо рыбаком, промышлявшим на малых реках. В любом случае, основа прозвища — бытовая, без претензий на знатность, что типично для большинства русских фамилий.