Фамилия Мельгунов образована от прозвища Мельгун. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного – мельгуном в некоторых говорах называли «того, кто часто моргает или подмигивает». Кроме того, мельгуном именовали легкомысленного, игривого человека. Вероятно, прозвище Мельгун содержало указание либо на привычки основателя фамилии (частое моргание), либо на особенности его характера и поведения (шутливость, шаловливость). Так и прозвище Мельгун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мельгунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мельгун, со временем получил фамилию Мельгунов. Известным представителем фамилии является Сергей Петрович Мельгунов (1879-1956) - русский историк, политический деятель.