Фамилия Маргун — яркий пример того, как прозвище, данное человеку за манеру речи, навсегда закрепилось в родовом имени. В основе лежит древнерусский глагол «маргать» — говорить невнятно, бормотать, картавить или шепелявить. В диалектах это слово означало также «заикаться» или «мямлить». Соответственно, Маргуном в старину называли человека с нечёткой речью — картавого, шепелявого или того, кто говорил слишком быстро и неразборчиво.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: корень «марг-» плюс суффикс «-ун», который в русском языке образует названия лиц по характерному действию. Сравните: «болтун» (от болтать), «ворчун» (от ворчать), «говорун» (от говорить). Суффикс «-ун» придаёт прозвищу оттенок постоянного, привычного качества — это не случайная запинка, а устойчивая особенность речи.

Фамилия Маргун относится к типу так называемых «нестандартных» русских фамилий — она не имеет типичного суффикса -ов/-ев или -ин. Такие фамилии, как правило, застыли в форме прозвища и чаще встречаются на юге России, в Белоруссии и на Украине, где была распространена модель прямого перехода прозвища в фамилию без добавления патронимического суффикса. В центральных и северных областях России ту же основу оформили бы как Маргунов.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с украинским или белорусским диалектным словом «марга» — «морковь». В этом случае Маргун мог быть прозвищем огородника или торговца морковью. Однако против этой гипотезы говорит то, что суффикс «-ун» крайне редко присоединяется к названиям овощей для обозначения человека. Гораздо логичнее он выглядит при глагольной основе, поэтому версия с речевым дефектом остаётся основной.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. Например, в реестре Войска Запорожского 1649 года среди казаков Чигиринского полка упомянут Маргун. Это подтверждает южное, казачье происхождение многих носителей фамилии. В современной России Маргун — фамилия редкая, но не исчезнувшая, её можно встретить преимущественно в Краснодарском крае, Ростовской области и на Украине.