Фамилия Маргуненко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «сын» или «потомок», то есть Маргуненко — «сын Маргуна». Вопрос в том, что скрывается за основой «Маргун».

Скорее всего, в основе лежит прозвище Маргун. В русских и украинских говорах слово «маргать» означает «мигать, моргать», а «маргун» — человек, который часто моргает, или тот, кто щурится, подмигивает. Прозвище могло закрепиться за человеком с такой привычкой или, в переносном смысле, за хитрецом и насмешником. В словаре Владимира Даля встречается и слово «маргосить» — «шалить, проказить», что добавляет возможный оттенок озорного или непоседливого характера.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с личным именем Марк (Марко), которое в народной речи могло преобразоваться в Маргун через добавление суффикса -ун. Однако такое словообразование менее типично для имён, чем для прозвищ.

Географически фамилия Маргуненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, где исторически были сильны украинские переселенческие потоки. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного прозвища в конкретной местности.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «собратья» — Маргунов, Маргуновский, Маргун. Все они восходят к той же основе, но различаются по суффиксам: -ов указывает на великорусскую модель, а -енко — на украинскую. Маргуненко, таким образом, стоит в ряду фамилий, которые чётко маркируют региональное происхождение носителя.

Точных сведений о сословной принадлежности первых Маргуненко нет, но, судя по модели образования, фамилия возникла в среде крестьян или казаков, где прозвища были особенно живучи. Никаких дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.