Фамилия Маргунов — яркий пример того, как суффикс может изменить представление о происхождении. Внешне она похожа на типичную русскую фамилию на -ов, но её основа заставляет задуматься. В русском языке нет слова «маргун» в значении «человек», зато есть «маргать» — диалектный глагол со значением «мигать, щуриться, моргать». От него образовалось прозвище Маргун — так в северных и сибирских говорах могли назвать человека, который часто моргает, щурится от яркого света или имеет привычку подмигивать. Прозвище было редким, но устойчивым: в переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с таким именованием, например, в Вятском крае. Со временем «Маргун» превратилось в «Маргунов» — «сын Маргуна».

Интересно, что фамилия Маргунов почти не встречается в центральных и южных регионах России. Её ареал — северо-восток европейской части, особенно Архангельская, Вологодская и Кировская области, а также Урал. Там же бытуют однокоренные фамилии: Маргасов, Марганов, Маргушин. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами: -ов, -ин, -ев. Маргунов — самая распространённая из этой группы, хотя в целом по России она остаётся довольно редкой.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «маргун» — название птицы, например, чибиса или бекаса, который во время токования резко взлетает и «моргает» крыльями. В этом случае прозвище могло закрепиться за охотником или человеком с лёгким, порывистым характером. Но первая версия — от привычки моргать — выглядит правдоподобнее, потому что прозвища по физическим особенностям давали чаще, чем по поведению птиц.

Фамилия не дворянская и не купеческая. Носители Маргуновых — в основном крестьяне и мещане Русского Севера. В XIX веке часть их переселилась в Сибирь, поэтому фамилия встречается в Томской и Иркутской губерниях. В советское время она не получила широкой известности, и сегодня её обладатели живут преимущественно в тех же северных областях, а также в Москве и Санкт-Петербурге — результат миграции XX века.