Фамилия Маргунова — женская форма фамилии Маргунов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Маргун. В основе лежит древнерусское слово «маргать» — моргать, щуриться, а также делать что-то быстро, урывками. Отсюда «маргун» — человек, который часто моргает, щурится от яркого света, или, в переносном смысле, тот, кто делает всё торопливо, суетливо, «маргает» по мелочам.

Словообразовательная модель здесь классическая: основа «маргун» плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Маргунов сын). Такая модель была типична для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образовывались от основ на -а/-я (например, Маргин — от Марга), суффикс -ов здесь указывает на твёрдую основу мужского рода.

Интересная деталь: в русских говорах слово «маргун» имело и другое значение — так называли род растения, василёк или осот, но это значение локальное и вряд ли стало основой фамилии. Прозвищные фамилии по внешним признакам (особенностям поведения, мимики) были широко распространены, и версия с «моргуном» выглядит надёжнее.

Географически фамилия Маргуновы встречается в центральных и южнорусских областях, а также в казачьей среде. В некоторых регионах, например на Дону, «маргуном» могли называть не только моргуна, но и человека с лукавым, хитрым прищуром — так прозвище получало дополнительный оттенок характера. Таким образом, предок Маргуновых, скорее всего, выделялся среди соседей либо манерой щуриться и моргать, либо привычкой делать всё быстро и с лёгкой суетой.