Фамилия Магунова — женская форма фамилии Магунов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — слово «магун», которое в русских говорах имело два разных значения.

Первое и самое вероятное: в южных и западных диалектах «магуном» называли человека, который много и охотно пьёт хмельные напитки, гуляку или пьяницу. Слово происходит от глагола «мага́ть» — пить, кутить. В этом случае фамилия образована по типичной модели от прозвища: Магун — сын Магуна — Магуновы. Так могли прозвать за характер или привычку, и прозвище закрепилось как фамилия.

Второе значение, менее распространённое, но тоже возможное: «магун» — это умелец, знаток, колдун (от «маг»). В некоторых областях так могли назвать человека, который «знается» с нечистой силой или просто обладает необычными способностями. Однако эта версия слабее: слово «маг» в народной среде было книжным, а диалектное «магун» в значении «пьяница» встречается в говорах гораздо чаще и надёжнее зафиксировано.

Обратите внимание на суффикс -ов-. Это патронимическая модель, самая массовая в русских фамилиях, но в случае с Магуновым она указывает, что фамилия сложилась в центральных или южных регионах России, а не на севере, где преобладали бы формы на -их/-ых. Географически фамилия Магуновых встречается в Тульской, Рязанской, Воронежской областях — как раз в зоне распространения южнорусских говоров, где слово «магун» было в ходу.

Есть и редкая версия, что фамилия могла возникнуть от тюркского имени Магун (в значении «сильный, могучий»), но для этого нет убедительных исторических свидетельств, и большинство носителей фамилии — русские по происхождению.

Таким образом, Магунова — это фамилия, которая скорее всего ведёт начало от прозвища предка-гуляки, а не колдуна или силача. Впрочем, в каждой семье своя история, и если есть семейное предание — оно может пролить свет точнее, чем любые словари.