Фамилия Моргуненко — типичный пример украинской фамилии, образованной от прозвища. В её основе лежит слово «моргун», которое в диалектах имело несколько значений. Чаще всего так называли человека, который часто моргает или имеет привычку подмигивать. В переносном смысле «моргуном» могли величать волокиту, шалуна, а в некоторых говорах — зеваку или лентяя. Смысл зависел от того, кто и в какой ситуации давал прозвище, но в любом случае оно цепко описывало либо внешнюю особенность, либо манеру поведения предка.

Словообразовательная модель здесь прозрачна. Суффикс -енко в украинской традиции указывал на отчество или принадлежность к роду: Моргуненко — буквально «сын Моргуна». Такие фамилии массово закреплялись на Левобережной Украине и в южнорусских землях, где украинское влияние было сильным. Именно этот суффикс — маркер казацкой и крестьянской среды XVII–XVIII веков, когда наследственные именования только складывались.

Родственные фамилии — Моргунов (русская форма с суффиксом -ов), Моргулёв, Моргачёв. Все они восходят к тому же глаголу «моргать», но Моргуненко сохранило более архаичный, диалектный оттенок. Любопытно, что в старых документах прозвище Моргун могло полностью вытеснять крестильное имя, как это часто случалось в среде простых людей: человек был известен соседям не как Иван или Пётр, а как Моргун, а его дети уже писались Моргуненко.

Другие версии происхождения выглядят менее убедительными. Например, связь с украинским словом «морг» (участок земли) или с фамилией Моргач не подтверждается ни историческими источниками, ни логикой словообразования. Основа «моргун» слишком явно отсылает к действию, а не к предмету.

Итоговое значение фамилии — указание на живого, подвижного человека, возможно, с лукавым нравом. Сегодня носители фамилии Моргуненко встречаются в основном в Украине и в южных областях России, что полностью согласуется с её происхождением.