Фамилия Моргунский — типичный пример фамилии, образованной от прозвища через суффикс -ск(ий). Этот суффикс чаще всего встречается в польской, украинской и белорусской традиции, а также у русских дворянских родов, получивших фамилии по названиям имений. Однако в случае Моргунского основа указывает не на географическое название, а на личное прозвище.

Корень фамилии — «моргун». В русских говорах так называли человека, который часто моргает, щурится или подмигивает. Слово могло иметь и переносное значение: хитрец, шалун, тот, кто «строит глазки». В украинском и белорусском языках «моргун» означает ещё и «светлячок» (насекомое, которое мерцает), но для прозвища людей это значение вторично. Вероятнее всего, прозвище Моргун получил человек с характерной манерой моргать или с озорным нравом.

Форма на -ский говорит о том, что фамилия закрепилась скорее в шляхетской или казацкой среде, где такие окончания были нормой. Если бы фамилия образовалась в крестьянской среде Великороссии, она, скорее всего, выглядела бы как Моргунов или Моргункин. Моргунский — это указание на принадлежность к роду Моргунов: «сын или потомок Моргуна», но с более книжным, «официальным» суффиксом. Такие фамилии часто встречаются в записях Речи Посполитой, на территории современной Украины, Беларуси и западных областей России.

В русской ономастике фамилия Моргунский считается сравнительно редкой. Она не входит в списки самых распространённых, но встречается в архивных документах XIX века, например, среди мещан и однодворцев южных губерний. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от казаков до мелкопоместных дворян, но массового дворянского рода Моргунских не сложилось.

Итог: фамилия Моргунский происходит от прозвища Моргун (моргающий или хитрый человек) с добавлением типичного для западных и южных земель суффикса -ский. Предки носителя фамилии, скорее всего, жили на территории современной Украины, Беларуси или в пограничных с ними областях России и принадлежали к служилому или мещанскому сословию.