Фамилия Моргунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Моргунов восходит к прозвищу Моргун, связанному с глаголом «моргать». Это прозвище имело то же значение, что и диалектные Мельгун, Мигач, Мигун — «тот, кто часто мигает, моргает», «кто подмигивает, перемигивается с кем-либо», «волокита, шалун», а также «зевака, лентяй». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Моргун, со временем получил фамилию Моргунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Моргунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Моргунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.