Фамилия Моргунская — женская форма фамилии Моргунский. Это типичная фамилия польско-украинско-белорусского пограничья, образованная по модели, характерной для шляхетских и мещанских родов Речи Посполитой. Если в великорусских землях преобладали фамилии на -ов, -ев, -ин, то на западе и юго-западе Руси активно использовали суффикс -ский/-цкий, который придавал фамилии оттенок принадлежности к месту или роду.

Основа фамилии — прозвище Моргун. В славянских говорах «моргун» — это человек, который часто и быстро моргает, щурится или подмигивает. В южнорусских и украинских диалектах слово имело и другое значение — так называли того, кто работает урывками, «моргает» (от «моргать» — делать перерывы). Однако есть и более древний пласт: в некоторых областях «моргуном» называли мелкого земельного собственника. Слово «морг» — это старинная польская и западнорусская мера площади земли (около 0,56 гектара). Соответственно, «моргун» мог быть человеком, владевшим участком в один морг, или крестьянином, обрабатывающим такой надел.

Таким образом, Моргунский — это либо «сын Моргуна» (потомок человека с таким прозвищем), либо выходец из поселения, носившего название Моргуны или Моргунь. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на Западной Украине до сих пор. В пользу версии о прозвище говорит то, что фамилии на -ский от прозвищ в этой среде тоже встречались, хотя и реже, чем от названий имений.

По сословной принадлежности Моргунские, скорее всего, относились к мелкой шляхте или к зажиточным крестьянам-однодворцам. В XIX веке носители фамилии фиксируются в Волынской, Киевской и Гродненской губерниях. Ударение в фамилии, вероятнее всего, падает на второй слог: Моргу́нская, хотя в некоторых говорах могло сместиться на первый.

Фамилия не слишком распространена в современной России, но встречается у потомков переселенцев с запада. Её редкий суффикс и связь с земельной мерой делают её интересным примером того, как хозяйственный уклад и диалектные особенности формировали родовые имена.